越早知道越好危机一发(危机一发系列)

Get shit done!

 

前言各位晚上好，很久之前咱八卦过的一个关于废水监测、神秘变异株、肠嗜性持续感染和鼠传人的漫谈系列，最近又有了点新料，咱琢磨琢磨，不如搞个续集吧前面几集请见：《纽约：下水道危机一发（引子）》；《纽约：下水道危机一发（正传）》。

；《纽约：下水道危机一发（后记）》。话说，前两天咱在知乎随便发了点回答~——请品鉴啦：

结果知乎那边的喷子和杠精，各位你们懂的，简直太牛鼻了……——比如这样：

上面这位朋友的评论，简直让人无言以对……毕竟，恶意抢跑这种事儿，特别是欺负聊天对象不上简中互联网而偷发聊天记录恶意抢跑这种事儿，显然没法给出更多的证据，要不当场就要穿帮啊各位

不过呢，柳暗花明又一村了可以说是……上面那段厚码聊天记录的相关方，也就是咱们之前《纽约下水道危机一发》的主角之一，最近又有新作面世，这份新鲜出炉的预印本，一来可以（侧面）证明上边那段厚码聊天记录的真实性，

二来也可以搬运过来，给《纽约下水道危机一发》这个系列添个续集，所以咯，就有了今天这一篇。——请品鉴：

标题翻译成人话：通过废水监测测序发现的新冠病毒隐秘变异株的基因多样性与趋同演化简而言之，这篇预印本基本上算是当初Johnson老师和Dennehy老师那篇《Nature Communications》名作的后续。

说的是在2021年期间，他们老几位在美帝三个州总共九个废水监测点位发现了一大波隐秘流行的变异株：这些变异株在刺突蛋白RBD结构域拥有少则4个、多则24个氨基酸变异；然后呢，之所以说这些变异株在隐秘流行，是因为它们从来没有在患者鼻咽拭子测序记录当中出现过；

接下来，这些隐秘流行的变异株，最长甚至在下水道里持续存在了14个月之久；这些隐秘流行的下水道专属变异株，绝大多数都是2020年早期的元祖一辈毒株的直接后代（唯一的那个例外，也是2020年底的Alpha的直接后代）；

最蹊跷的是，这些变异株拥有多个碰瓷Omicron的疑似趋同演化变异……——举个栗子，请品鉴：

以上是Johnson老师所在密苏里州两处采样点检出的两款隐秘流行变异株，其中图左边的方块们代表这些变异株的刺突蛋白RBD结构域氨基酸变异；正如前文所说，Johnson老师他们的测序技术只支持测刺突蛋白412到579片段，刚好覆盖RBD……

然后，图左边那些方块的颜色代表了对应氨基酸变异跟Omicron的趋同程度——黑色代表跟Omicron完全无关、绿色代表跟Omicron位点一样但氨基酸不一样，而橙色则代表完全撞衫；再然后，图右边的热力图则代表各个采样日期的病毒RNA拷贝数；

以上两个采样点的变异株，各挑一款翻译成人话，分别是：MO33的最后一款：K417T+L452R+N460K+Q493K+N501T；MO45的第三款：K417T+T478K+E484A+S494P+Q498H+S530T。

怎么样，作为2021年上半年就已经隐秘流行的变异株（的刺突蛋白RBD部分），这变异组合，算得上阴间气息十足吧？——那么就请再品鉴：

来自大城市纽约的隐秘流行变异株们，果然不同凡响啊各位~这密密麻麻的变异，咱也懒得一一复述了，各位感兴趣的请自行点开大图品鉴吧。——请继续品鉴：

红框框出来这款加州隐秘流行变异株，采样于2021年11月4日，氨基酸变异组合：K417T+D420N+V445A+G446S+L452K+N460K+S477N+T478K+E484A+F486P+Q498Y+P499S+N501S+

Y505H+Y508H+T572I……这这这，这真的不是Omicron遗忘在下水道里的魔改版吗！——总之，Marc Johnson老师自己是这么总结的：

翻译成人话：每个污水采样点，都能检出自己标志性的隐秘变异株，但与此同时，有这么一小撮突变位点，老是反复出镜……并且刚好这一小撮位点，还跟Omicron的特征定义突变撞衫了（比如说N440K、E484A、Q493R以及Y505H之类）

所以，现在问题就来了上面这一大波阴间气息浓郁并且在下水道里隐秘流行了N久的奇葩玩意儿，都是哪儿来的？或者说，跟这些奇葩玩意儿造型类似的Omicron，又尼玛是哪儿来的？作为这篇预印本的共同通讯作者，Johnson老师倾向于相信，这些奇葩货的来源是免疫缺陷病例（肠道）持续感染，

——因此他隐晦地表示：

翻译成人话：特别鸣谢各位合作伙伴送屎上门让我们做检测！而Dennehy老师则仍然怀疑其中有老鼠在作祟……毕竟上面Johnson老师提到的那些个氨基酸变异，几乎个个都是鼠类适应性变异~——比如说，请品鉴啦：

以上这篇FDA出品的预印本，考察了Omicron家族几个子毒株针对不同物种ACE2受体的感染效率，——其中，请再品鉴：

明显可见，不管是BA.1、BA.2还是BA.3，都几乎完全丧失了针对元祖宿主马蹄蝠的感染效率，其中Q493R和Q498R两大特征突变更是导致这一情况的罪魁祸首。——请对比品鉴：

Dennehy老师内心戏：“好消息！Omicron抛弃了蝙蝠！它回不去了！”“坏消息，它选择了老鼠……”最后，不管是免疫缺陷病例，还是老鼠，这些神似Omicron，却又不是Omicron，甚至阴间程度更甚于Omicron的奇葩玩意儿们，

自从2021年初开始，就一直在纽约、密苏里以及加州的下水道里徘徊，或者按照Johnson老师的说法：“每个污水采样点，都能检出自己标志性的隐秘变异株”…………就这，居然还有人敢说“Omicron正在加速结束新冠”？？？

——比如这种煞笔：

有请这些煞笔们，跟着Johnson老师去get shit done啦~